Kinderen met het MEGDEL-syndroom worden meestal in de eerste dagen tot weken na de geboorte ziek, met een op sepsis lijkend beeld zonder dat er een infectie wordt gevonden, voedingsproblemen, een lage bloedsuiker (hypoglykemie) en een verminderde spierspanning in de romp. Er is vaak een voorbijgaande leverfunctiestoornis.
In de loop van de kindertijd ontstaan spasticiteit en dystonie (bewegingsstoornissen), die kunnen leiden tot stilstand of achteruitgang van de motorische en verstandelijke ontwikkeling. Ook treedt een progressief gehoorverlies op door beschadiging van het binnenoor. Spraak ontwikkelt zich vaak niet of nauwelijks.