Oorspronkelijk werd gedacht dat de ziekte van Fabry alleen bij jongens en mannen voorkomt. De genetische oorzaak ligt op het X-chromosoom, waardoor mannen met een afwijkend gen geen normale tegenhanger hebben. Het blijkt echter dat vrouwen ook klachten kunnen ontwikkelen (ondanks het feit dat zij wel 2 X-chromosomen hebben en dus ook een ‘normale’ tegenhanger hebben). Zowel bij mannen als bij vrouwen is er veel variatie in de symptomen en in de leeftijd waarop patiënten klachten krijgen. Ook zijn er patiënten die biochemisch en genetisch wel afwijkend zijn, maar geen klachten hebben.

De ziekte van Fabry bij mannen
Veel symptomen van de ziekte van Fabry zijn terug te voeren op het feit dat zich bij deze patiënten vetachtige stoffen ophopen in de wand van de bloedvaten. Het enige uiterlijke symptoom van de ziekte is de aanwezigheid van kleine rode puntjes op de huid (angiokeratomen). Dit kan al op jonge leeftijd optreden. Het wordt vaak bij mannelijke patiënten gevonden en in mindere mate bij vrouwen.
Een ander veel voorkomend symptoom bij jongens en mannen is pijn in de handen en voeten. Deze pijn kan constant zijn, maar ook in hevige, korte aanvallen optreden. Dat gebeurt bijvoorbeeld na fysieke inspanning of koorts (bij bijvoorbeeld griep).
Verder kunnen patiënten problemen hebben met hun maag-darmkanaal (ze kunnen niet goed tegen bepaalde voedingsmiddelen). Soms constateert een oogarts troebelingen in het hoornvlies van de ogen. Deze troebelingen hebben geen invloed op het gezichtsvermogen. Vaak kunnen Fabry-patiënten niet of maar zeer weinig zweten.
Op latere leeftijd krijgen patiënten steeds meer vaatproblemen, onder andere doordat de bloedvaten door de steeds toenemende stapeling verdikken: hierdoor wordt de bloedtoevoer belemmerd. Er kunnen problemen ontstaan met de nieren, het hart en de hersenen.

De eerste symptomen kunnen optreden op jeugdige leeftijd of in de puberteit. Meestal zijn dit pijnklachten en huidafwijkingen. Het komt echter ook voor dat patiënten pas last krijgen van deze verschijnselen als ze twintig of dertig jaar oud zijn. De hart- en nierproblemen ontstaan op latere leeftijd (vanaf 30-40 jaar).

In de afgelopen jaren is duidelijk geworden dat niet alle mannelijke patiënten ernstige ziekteverschijnselen ontwikkelen. Soms wordt de diagnose pas later gesteld en is er maar één orgaan aangedaan, bijvoorbeeld alleen het hart of alleen de nieren. Dit wordt niet-klassieke ziekte van Fabry genoemd, in tegenstelling tot de ernstige variant die klassieke ziekte van Fabry wordt genoemd.

De ziekte van Fabry bij vrouwen
Vrouwelijke draagsters van het Fabry-gen kunnen ook de ziekte van Fabry hebben. Ze hebben weliswaar naast een afwijkend gen ook nog een normaal gen maar het normale gen blijkt niet altijd voldoende te werken om enzym te maken. Daardoor kunnen vrouwelijke Fabry-patiënten ook klachten krijgen. Meestal zijn deze milder dan de hierboven beschreven symptomen, maar ook bij vrouwen is de uiting zeer wisselend (van symptoomvrij tot veel klachten).