Patiënten met hypofosfatasie hebben een abnormale opbouw van het bot en de tanden. De symptomen kunnen sterk variëren, van problemen met de vorming van een gezond gebit tot vervormde ledematen. De borstkas kan ook onvoldoende ontwikkeld zijn, waardoor een onderontwikkeling van de longen kan ontstaan. Daarnaast kan een verhoogde hoeveelheid kalk in de urine leiden tot beschadiging van de nieren. Hoe jonger de leeftijd waarop de eerste symptomen optreden -een baby kan als gevolg van deze aandoening al tijdens de zwangerschap overlijden- des te ernstiger zal de aandoening zijn. 
Er zijn vier vormen van de ziekte te onderscheiden: perinatale, infantiele, juveniele en adulte hypofosfatasemie. Symptomen ontstaan respectievelijk rond de geboorte, op de zuigelingleeftijd, op de kinderleeftijd en op volwassen leeftijd. 

Perinatale hypofosfatasemie
Bij deze ernstigste vorm van hypofosfatasemie, overlijdt de baby vaak al in de baarmoeder. Als het kindje wel geboren wordt, heeft het kenmerkende verkorte en vervormde ledematen, zachte schedelbeenderen en onvoldoende botvorming. Vaak zijn de borst en de longen niet goed ontwikkeld, waardoor ademhalingsproblemen kunnen ontstaan. Een baby met deze ziekte groeit vaak niet voldoende. Andere meer algemene kenmerken zijn: huilen op hoge toon, prikkelbaarheid, braken, korte periodes van niet-ademen, koorts en bloedarmoede. Ook kunnen bloedingen in de hersenen en epileptische aanvallen optreden. 

Infantiele hypofosfatasemie
Bij kinderen met infantiele hypofosfatasemie ontstaan de eerste symptomen vaak in de eerste zes levensmaanden. Meestal hebben ze voedingsproblemen, onvoldoende groei en onvoldoende spierspanning. Vaak valt bij de baby een abnormale vorm van de borst op, die het gevolg is van vormveranderingen van de ribben. Deze afwijking van de ribben geeft een verhoogde kans op infecties, zoals een longontsteking, en op kortademigheid. 
Ook andere delen van het skelet kunnen afwijkingen vertonen. Vaak is er sprake van veel calcium in de urine, wat schadelijk is voor de nieren. Van de kinderen met deze vorm sterft ongeveer de helft als gevolg van een luchtweginfectie, doordat de longen dan onvoldoende hun werk kunnen doen. Na de zuigelingenleeftijd verbetert de Prognose duidelijk. 

Juveniele hypofosfatasemie
De meeste kinderen met juveniele hypofosfatasemie verliezen op de babyleeftijd een of meer tanden van hun melkgebit. Het blijvend gebit kan zich normaal ontwikkelen, maar soms zijn er problemen in de zin van het laat doorkomen van het gebit, loszitten van tanden en kiezen en veel gaatjes. Een aantal kinderen heeft een achtergebleven lengtegroei en kenmerken van de zogenoemde 'Engelse ziekte' (onder meer O-benen). Bij de meeste kinderen treedt spontaan verbetering op. 

Adulte hypofosfatasemie of odontohypofosfatasemie
Mensen met deze vorm van hypofosfatasemie krijgen op volwassen leeftijd meestal eerst tandproblemen (loszittende tanden en gaatjes). Later kunnen ook ook problemen aan het skelet met breuken, lage rugpijn, gewrichtspijn en gewrichtsontstekingen ontstaan. Vaak blijkt dat er op de kinderleeftijd ook (milde) symptomen zijn geweest, die weer verdwenen. Sommige patiënten hebben alleen tandproblemen.