De diagnose wordt meestal vermoed op grond van de symptomen. Voor de bevestiging is bloedonderzoek in een metabool laboratorium nodig.

Prenatale diagnostiek
Als er al eerder in het gezin een kindje met hypofosfatasemie is geweest, is prenatale diagnostiek mogelijk om bij een volgende zwangerschap. Met behulp van een vlokkentest kan men hypofosfatasemie voor de geboorte vaststellen. Er wordt dan DNA-onderzoek gedaan om de hoeveelheid alkalische fosfatase te bepalen. De perinatale vorm is soms voor de geboorte door middel van echo-onderzoek te diagnosticeren.