Er zijn verschillende behandelingen onderzocht bij patiënten met hypofosfatasemie, maar de interpretatie is moeilijk door kleine patiënten aantallen en door spontane verbetering van het ziektebeeld. 
Onderzoekers hebben geprobeerd de aanmaak van het enzym te stimuleren door middel van verschillende stoffen, waaronder vitamine D, corticosteroïden en zink. Dit gaf echter geen verbetering. Ook wordt geprobeerd mensen met hypofosfatasie extra enzym te geven. Dit is beschikbaar in de vorm van een medicijn met de naam asfotase alpha. In Nederland is het beschikbaar voor patiënten die de eerste symptomen voor de leeftijd van zed maanden hebben. Vooralsnog is er daarom geen behandeling die de oorzaak weg kan nemen en de ziekte geneest; 
De patiënten worden wel ondersteunend behandeld. Vanaf jonge leeftijd is regelmatige tandheelkundige controle erg belangrijk, gezien de grote kans op kaak- en tandproblemen. Daarnaast wordt geprobeerd om luchtweginfecties zoveel mogelijk te voorkomen.

De toekomstverwachting is sterk afhankelijk van de leeftijd waarop de eerste symptomen optreden en dus van het specifieke subtype van de ziekte. Vroege herkenning van het ziektebeeld is bij de ernstigste vormen van groot belang voor een goede ondersteunende behandeling en voor erfelijkheidsvoorlichting.