Zwangerschap en geboorte verlopen in principe normaal en ook de APGAR-scores en het geboortegewicht zijn normaal. Bij het klassieke beloop beginnen epileptische aanvallen in de eerste twee levensjaren. Sommige patiënten hebben dagelijks aanvallen, anderen eens per dag, per week of per maand. De overeenkomst is dat de epileptische aanvallen vaak slecht reageren op anti-epilepsiemedicatie en snel verbeteren nadat er met een ketogeen dieet wordt begonnen. Verder kunnen kinderen kortdurende aanvallen van horizontale, verticale of ronddraaiende oogbewegingen hebben. Daarnaast treden ontwikkelingsachterstand en leerproblemen op. Sommige patiënten hebben een relatief klein hoofd. Daarnaast kunnen ze moeite hebben met de coördinatie (ataxie) en is de spierspanning in de eerste levensjaren vaak laag (hypotonie). Ook spasticiteit komt voor. 
Inmiddels weten we dat het klinisch beeld bij GLUT1-DS breder is dan het hierboven beschreven klassieke beeld en dat de ernst van de klachten kan variëren van licht tot ernstig. Naast patiënten met een complex neurologisch beeld met epilepsie, verstandelijke beperking en bewegingsstoornissen worden ook mildere vormen gezien, zoals patiënten met absence-epilepsie of aanvalsgewijze inspanningsgebonden problemen met het bewegen.