GLUT1-DS is niet te genezen. Om de epileptische aanvallen onder controle te krijgen is de eerste keus van behandeling een ketogeen dieet. Dit is een heel vetrijk en koolhydraatarm dieet. Het dieet bevat in verhouding ook weinig eiwit. Een ketogeen dieet moet voorgeschreven worden door een arts met ervaring met dit dieet en moet worden begeleid door een ervaren diëtiste. Door het vetrijke dieet gaat het lichaam ketonlichamen maken die normaal gesproken alleen maar worden gemaakt als we langdurig vasten. Ketonlichamen kunnen de hersenen wel goed bereiken bij patiënten met GLUT1-DS en dienen daarmee als alternatieve brandstof voor de hersenen. Vaak nemen de epileptische aanvallen na start van het dieet drastisch af of verdwijnen zelfs helemaal. Ook bewegingsstoornissen, met name als deze aanvalsgewijs zijn, kunnen aanzienlijk verminderen met een dieet. Het dieet heeft helaas een minder groot effect op de verstandelijke ontwikkeling. Vaak wordt door familie en omgeving echter wel een positief effect op de cognitieve ontwikkeling gezien.

Op dit moment is het ketogeen dieet eerste keus van behandeling, maar vanwege de strikte beperking in koolhydraten is het vaak moeilijk voor patiënten en ouders om dit dieet vol te houden. Dr. Leen, onderzoeker en neuroloog, en prof. Willemsen, kinderneuroloog verbonden aan het Radboudumc te Nijmegen, onderzochten daarom in 2012 het effect van het gemodificeerde Atkinsdieet, dat een minder strikt regime kent dan het klassieke ketogeen dieet. Zij onderzochten dit bij adolescenten en volwassen patiënten met GLUT1-DS. Patiënten ondervonden aanzienlijke verbetering in frequentie en ernst van met name aanvalsgewijze bewegingsstoornissen. De studie toonde daarmee aan dat het gemodificeerde Atkinsdieet een goed alternatief is voor het ketogeen dieet voor adolescenten en volwassen met GLUT1-DS.

Van alfa-liponzuur (thioctic acid) is beschreven dat het helpt bij het glucosetransport, althans in in vitro-studies (in cellen). Soms wordt aangeraden om alfa-liponzuursupplementen te gebruiken, ondanks dat het bewijs in patiënten nog ontbreekt. Tot nu toe zijn de resultaten matig.

Verder is de laatste jaren een goed effect beschreven van oxcarbazepine en acetazolamide op epilepsie en zogenaamde aanvalsgewijze inspanningsgebonden dystonie. Dit zijn echter allemaal beschrijvingen van case reports (beschrijvingen in de literatuur bij slechts één of een paar patiënten). Deze medicijnen zijn nog niet systematisch onderzocht, dus of het voor grotere groepen patiënten met GLUT1-DS van nut is, is vooralsnog niet bekend.

Van een aantal medicijnen is bekend dat deze het glucosetransport over de bloed-hersenbarrière kunnen verminderen en worden daarom afgeraden bij patiënten met GLUT1-DS. Dit zijn met name barbituraten (fenobarbital wordt bijv. ook wel voorgeschreven bij kinderen met epilepsie, maar het verergert de toestand van het kind) en methylxanthines (ze verhinderen het transport van glucose). Methylxanthines zitten ook in koffie en andere cafeïnehoudende producten.

Aangezien de aandoening GLUT1-DS pas 20 jaar bekend is en de diagnose met name wordt gesteld bij kinderen, is er nog weinig bekend over de uiteindelijke prognose. Onderzoek toont aan dat bij patiënten met het klassieke, complexe fenotype van GLUT1-DS de symptomen met de leeftijd veranderen, waarbij in het algemeen epilepsie naar de achtergrond verdwijnt, maar aanvalsgewijze bewegingsstoornissen verergeren of ontstaan. De verstandelijke beperking blijft gedurende het leven min of meer stabiel.