Een defect in het pyruvaat dehydrogenase complex zorgt voor verzuring van het bloed door te veel melkzuur, en voor een tekort aan energie. De gevolgen zijn heel divers. Dat geldt ook voor de klachten die patiënten hebben. Toch zijn de klachten grofweg in een paar groepen te verdelen.

De ernstigste vorm is een acute verzuring, die meestal vlak na de geboorte of in het eerste levensjaar optreedt. De meeste kinderen met deze vorm overlijden in de eerste twee levensjaren.

Bij andere patiënten valt eerst een ontwikkelingsachterstand op. Veel van deze kinderen groeien slecht en blijven steeds verder achter in hun ontwikkeling. Ze kunnen slappe spieren hebben en problemen met coördinatie en bewegen. Ook komen andere neurologische klachten voor, zoals epilepsie en spiertrekkingen. Ook oogproblemen komen voor: scheelzien en onwillekeurige, ritmische oogbewegingen (nystagmus).

Een klein deel van de kinderen met deze ziekte heeft afwijkende gelaatstrekken. Dit komt vaker voor bij meisjes. Kenmerkend zijn een smal hoofd met een prominent voorhoofd en een ingedrukte, brede neusbrug. Ook de oren kunnen een afwijkende vorm hebben. Bij jongens komen vooral coördinatieproblemen voor, al kunnen ook bij hen meerdere van bovenstaande klachten voorkomen.

De achteruitgang kan geleidelijk gaan, maar ook in plotselinge sprongen — bijvoorbeeld tijdens of na een infectie. De meeste patiënten overlijden voor hun twintigste levensjaar, vaak door ademstilstand of een longontsteking. Patiënten met een mildere vorm van de ziekte leven langer.