Sommige personen met GSD-6 hebben mogelijk geen behandeling nodig, maar in het algemeen worden lage bloedsuikers voorkomen met een dieetbehandeling met frequente, kleine maaltijden, ongekookte maïszetmeel en extra eiwit. Tevens verbeteren de groei en het uithoudingsvermogen en verminderen klachten van vasten intolerantie (waaronder spierpijn) en de afwijkingen in het laboratoriumonderzoek. Om die reden wordt op de jonge leeftijd vaak een late avondvoeding voorgeschreven, bij sommige jonge kinderen krijgt continue nachtelijke sondevoeding de voorkeur. Inname van grote hoeveelheden eenvoudige suikers (sucrose, fructose en lactose) vergroten de opslag van glycogeen in de lever. Ondanks die behandeling behouden enkele jonge kinderen aanvankelijk een achterstand in lengtegroei. Anderzijds, ook bij patiënten zonder hypoglykemie verbetert een dieetbehandeling voor het slapengaan gericht op korter vasten het energieniveau ter voorkoming van het aanspreken van alternatieve brandstoffen (spierafbraak voor de gluconeogenese en vetafbraak dat leidt tot ketose). 

Patiënten met GSD-6 krijgen meestal een gepersonaliseerde noodbrief, om families en hulpverleners te ondersteunen in de acute behandeling ter voorkoming van ontregeling van de stofwisseling.

De Prognose is over het algemeen gunstig en de meeste volwassen patiënten hebben geen intensieve behandeling meer nodig. De ontwikkeling van leveradenomenomen (goedaardige tumoren van de lever) wordt op dit moment als zeldzaam beschouwd, maar is gemeld in de literatuur.

Te vermijden omstandigheden en medicatie:

•    Langdurig vasten, bijvoorbeeld tijdens een operatieve ingreep of ziekte.
Voor een (geplande) operatieve ingreep dient een behandelplan opgesteld te worden.

•    Oplettendheid is geboden met medicijnen die hypoglykemie of leverschade kunnen veroorzaken. 
Middelen die hypoglykemie kunnen veroorzaken, zijn onder andere insuline en sulfonylureumderivaten. B-blokkers kunnen de symptomen van hypoglykemie maskeren. Amoxicilline is een acceptabel antibioticum, maar van Augmentin wordt beweerd, dat het malabsorptie kan veroorzaken en dat de component geassocieerd is met een risico op idiopathische leverziekte. Verschillende hormonen dienen in principe niet voorgeschreven te worden. Glucagon is bij patiënten met GSD-6 en GSD-9 NIET geïndiceerd voor de acute behandeling van hypoglykemie. Groeihormoontherapie is niet geïndiceerd als eerste behandeling voor de groeiachterstand bij GSD tenzij groeihormoondeficiëntie is bewezen en nadat voedingstherapie is geoptimaliseerd. Groeihormoon heeft als risico dat de koolhydraatstofwisseling negatief wordt beïnvloed. Dat geldt ook voor corticosteroïden, zoals prednison.

•    Bij patiënten met spierbetrokkenheid is oplettendheid geboden met medicijnen die het risico op spierafbraak (rabdomyolyse) of myopathie verhogen.
Voorbeelden zijn lipidenverlagende middelen zoals simvastatine, of bijvoorbeeld succinylcholine, die rabdomyolyse kunnen veroorzaken.