Er is geen behandeling die de ziekte van Lowe kan genezen; de behandeling richt zich op het bestrijden van de verschillende klachten en gebeurt door een team van verschillende specialisten (oogarts, nefroloog/kinderarts, neuroloog en klinisch geneticus).

De troebele ooglenzen worden operatief verwijderd om te voorkomen dat het kind slechtziend wordt, en een verhoogde oogdruk (glaucoom) wordt behandeld met druppels of een operatie. Het verlies van fosfaat, bicarbonaat en andere stoffen via de nieren wordt zoveel mogelijk aangevuld met medicijnen (onder andere bicarbonaat, fosfaat en kalium) om de botten en de groei te ondersteunen. Fysiotherapie en logopedie kunnen helpen bij de ontwikkeling van bewegen en taal. Gedragsproblemen kunnen soms met medicijnen worden verminderd. De nierfunctie en ogen worden levenslang regelmatig gecontroleerd.