Het enzymdefect bij PMM2-CDG heeft gevolgen voor het hele lichaam. Niet alle symptomen zijn direct bij de geboorte aanwezig, maar sommige uiterlijke kenmerken wel. We bespreken de symptomen aan de hand van de leeftijd van de patiënten.

Typische kenmerken 
Bij PMM2-CDG komen twee verschillende fenotypen voor: 1. Een multisysteem fenotype 2. Een neurologisch fenotype. De meeste patiënten  hebben een multisysteem aandoening, maar een deel van de patiënten heeft alleen of vooral neurologische problemen. Patiënten hebben in de meeste gevallen zowel lichamelijk als geestelijk een achterstand. Er zijn enige patiënten bekend zonder significante klinische verschijnselen. 

Patiënten met een multisysteem aandoening hebben herkenbare uiterlijke kenmerken. Vaak hebben ze strabismus (scheve oogstand), afwijkende vetverdeling op hun lichaam, lange vingers en ingetrokken tepeltjes.  Daarnaast hebben ze slappe spieren (hypotonie), problemen met hun evenwicht, en soms worden ze spastisch. Vaak hebben ze een klein hoofd. Leerproblemen en taalachterstand zijn echt typische symptomen. De patiënten met een multisysteem aandoening  krijgen vaak infecties, en groeien slecht. Er zijn ook leverfunctie problemen, gastrointestinale-, hormonale-, stollings- en hartafwijkingen beschreven. Oudere patiënten krijgen vaak last van zenuwproblemen en ze hebben een verhoogd risico op osteoporose en trombose. Vele patiënten krijgen staar of visus verlies na de puberteit. Nier problemen zijn zeldzaam.

Patiënten met het neurologische fenotype hebben meestal slappe spieren (hypotonie), problemen met hun evenwicht, vaak epilepsie en  spasticiteit. Taalachterstand en geestelijke achterstand komen bijna altijd voor. Deze patiënten hebben in het algemeen een betere levensverwachting dan die met het multisysteem fenotype, doordat buiten het centrale zenuwstelsel geen of weinig andere organen zijn aangedaan.

Kinderen met PMM2-CDG hebben vaak al vanaf hun geboorte enkele opvallende afwijkingen aan de huid. Zij hebben ingetrokken tepels en typische vetophopingen in de bilstreek en rond de heupen. Hun huid voelt over het hele lichaam vaak wat deegachtig aan. De meeste kinderen met PMM2-CDG hebben daarnaast vaak typische gelaatskenmerken en een smal hoofd.

Baby's en peuters
Veel baby's en peuters met PMM2-CDG zijn erg slap. Deze jongste patiëntjes eten en groeien vaak slecht, waardoor het nodig kan zijn om de kinderen met een sonde (bij) te voeden. De kinderen hebben al vrij snel een ontwikkelingsachterstand. Deze wordt veroorzaakt door de voedingsproblemen en door neurologische problemen die het gevolg zijn van de ziekte.
Bij sommige patiënten worden hele specifieke leverafwijkingen gevonden. Ook kan de lever wat vergroot zijn, maar dit neemt af als de patiënt ouder wordt. Patiëntjes kunnen daarnaast hartafwijkingen en ook afwijkingen aan het centrale zenuwstelsel hebben. Deze afwijkingen kunnen ervoor zorgen dat de kinderen al op jonge leeftijd komen te overlijden.
Een levensgevaarlijke complicatie van de ziekte is het voorkomen van erg lage bloedsuikerwaarden. Stollingsproblemen, lage bloedplaatjes en neiging tot thrombose of bloeding zijn bekende tekenen van PMM2-CDG. Een van de meest gevaarlijke complicaties van de ziekte is hersenbloeding of stroke-like episoden. Een deel van de patiënten hebben vochtopstapeling in hun buikstreek of rond het hart. De nierfunctie kan ook achteruitgaan, waardoor de patiënten eiwit verliezen door de nieren.

Jonge kinderen
Deze kinderen hebben in hun kleutertijd en vroege jeugd een neiging om plotseling heel erg ziek te worden. Vaak is de oorzaak een normale kinderziekte, zoals waterpokken of een infectie. Doordat hun lichaam zo heftig op de ziekte reageert, kunnen ze levensbedreigend ziek worden. Helaas overlijdt een deel van de patiënten aan de gevolgen van zo'n ernstige en acute ziekteperiode.
Kinderen met PMM2-CDG worden geboren met een hersenafwijking die ervoor zorgt dat ze meer moeite hebben met het coördineren van hun bewegingen. Veel patiënten hebben daardoor moeite om te leren staan en lopen en vaak zijn ze gebonden aan een rolstoel. Vroeger werd gedacht dat PMM2-CDG patiënten nooit konden leren lopen, maar er zijn meerdere patiënten die het tegendeel bewezen hebben.
Vaak blijkt op deze leeftijd dat kinderen met PMM2-CDG een ontwikkelingsachterstand hebben. Ook kunnen ze last hebben van epileptische aanvallen. Er zijn enkele patiënten beschreven met een milde vorm van de ziekte met mentale retardatie en coördinatieproblemen.

Oudere kinderen
Als kinderen ouder worden, lijken de problemen met epileptische aanvallen en acute ziekteperioden zich wat te stabiliseren. Wel wordt het meer en meer duidelijk dat hun ontwikkeling achterblijft. Veel patiënten zijn verstandelijk gehandicapt, maar er zijn grote verschillen in de ernst van deze handicap. Veel patiënten hebben spraakproblemen. Veel van hen kunnen niet of nauwelijks praten, maar vaak begrijpen ze wel veel. Een spraakcomputer biedt voor zulke patiënten vaak een mogelijkheid om toch met hun ouders en omgeving te kunnen communiceren.
De wat oudere kinderen met PMM2-CDG krijgen wel vaak problemen met hun spieren en gewrichten. De vergroeiingen door een verkrampte houding kunnen erger worden als die er op jonge leeftijd ook al waren.
Vrouwelijke patiënten met PMM2-CDG ontwikkelen niet altijd secundaire geslachtskenmerken (borsten, schaamhaar) als zij in de puberteit komen.

Sociaal karakter
Hoewel het door de spraakproblemen soms moeilijk is om te communiceren met PMM2-CDG patiëntjes, zijn het over het algemeen hele sociale en blijmoedige kinderen met een sterke wil. Hun geheugen is vaak erg goed en ze kunnen enthousiasme steken in het leren van iets nieuws.