Kinderen met LPI hebben meestal geen ziekteverschijnselen zolang ze borstvoeding krijgen. Wanneer ze overgaan op flesvoeding of vaste voeding, ontstaan problemen zoals braken en diarree. De patiëntjes hebben vaak huidafwijkingen en weinig onderhuids vet.
Zonder behandeling groeien deze patiëntjes slecht en hebben ze weinig eetlust. Met name eiwitrijke voeding staat hen tegen. Vaak zijn hun lever en milt vergroot, hebben ze botontkalking en groeien hun botten vertraagd. Als deze kinderen geforceerd worden om eiwitten te eten, kunnen ze stuipen krijgen en uiteindelijk in coma raken doordat er teveel ammoniak in hun bloed komt (hyperammonemie).
Te lange perioden van hyperammonemie kunnen de verstandelijke ontwikkeling van het kind in gevaar brengen. In de meeste gevallen wordt dit met behandeling voorkomen. Wel kunnen patiënten ernstige long- en nierproblemen ontwikkelen.