Lysinurische  proteïne intolerantie is, net als alle stofwisselingsziekten, niet te genezen. Wel is er een behandeling mogelijk met citrulline. Dat krijgen patiënten in een aantal dagelijkse doses naast de maaltijd. Daarnaast volgens ze een aangepast dieet, waarbij ze eiwitten in de voeding moeten beperken. Vaak levert dit niet veel problemen op, omdat de patiënten uit zichzelf ook minder behoefte aan eiwitten hebben. Met deze behandeling wordt schade door hyperammonemie voorkomen en kunnen de meeste patiënten een normaal leven leiden. 
Acute crises worden behandeld met een glucose-infuus en de inname van eiwitten wordt tijdelijk helemaal stopgezet. Daarnaast is het in de acute fase vaak ook nodig dat patiënten natriumbenzoaat krijgen. Dit bindt aan het overschot aan ammoniak, waarna het als de onschadelijke stof hypuraat wordt uitgeplast.