De meeste patiënten komen bij de dokter als ze tussen de zes maanden en anderhalf jaar zijn, met een dikke buik, door een sterk vergrote lever. Soms kan de dikke buik al direct na de geboorte opvallen. Soms wordt hypoglycemie (lage bloedsuiker) als eerste klacht gezien, waardoor het kind suf of zwak is.

Een duidelijk verschil met GSD-1 is dat de nieren bij GSD-3 niet vergroot zijn. De lever wordt bij kinderen met GSD-3 tussen het achtste en twaalfde jaar geleidelijk kleiner. Tijdens of na de pubertijd verdwijnt de vergrote lever bij de meeste patiënten. De groei verloopt meestal normaal of licht vertraagd.

Patiënten hebben (minder vaak dan bij GSD-1)  last van lage bloedsuikers (hypoglycemie). Dit geldt vooral voor jonge kinderen. Bij onbehandelde patiënten leidde dat in her verleden soms tot hersenbeschadiging en een achterstand in de verstandelijke ontwikkeling (door coma). Na een korte voedselpauze kan het bloed van GSD-3 patiënten licht verzuren. Ook kunnen ze een verhoogd cholesterol gehalte hebben. Dit is meestal niet ernstig en dit vetgehalte in het bloed, wordt lager als de patiënten ouder worden.

De stapeling van glycogeen vindt bij GSD-3a plaats in zowel de lever als de spieren.  Patiënten kunnen daarom ook last krijgen van spierklachten, zoals spierzwakte en symptomen van spierafbraak. Ook zenuwcellen en de hartspier kunnen bij dit type GSD-3 aangedaan zijn.

GSD-3 komt dus voor in een tweetal  varianten;
- GSD-3a: het meest voorkomende type. Hierbij is het enzym in twee functies gestoord (transferase en glucosidase) in de lever, de skeletspieren, de hartspier en soms zenuwweefsel . Dit heeft het gevolg dat zowel in de lever als in de spieren afwijkingen worden gevonden. Dit is bij de meerderheid van de patiënten het geval, de problemen in de hartspier en de zenuwbanen worden niet bij alle GSD-3a patiënten gezien. 
- GSD-3b: Dit is een variant waarbij alleen de lever is aangedaan en geen andere afwijkingen gevonden worden.

De variant  GSD-3a waarbij ook de spieren zijn aangedaan blijkt het vaakst voor te komen, bij ca. 85% van de GSD-3 patiënten.  De spierfunctie -afwijking verschilt per patiënt; bij sommige patiënten verbeteren de spierkracht en de spierspanning met het toenemen van de leeftijd.