De ziekte wordt veroorzaakt door mutaties in het OPA3-gen. Het Costeff-syndroom komt bijna uitsluitend voor bij mensen van Iraaks-Joodse afkomst, met een geschatte prevalentie van ongeveer 1 op 10.000 in die bevolkingsgroep. Er zijn meerdere typen 3-methylglutaconacidurie beschreven; type III onderscheidt zich van de andere typen (waaronder type I, zie elders op deze site) doordat opticusatrofie op de voorgrond staat.