De diagnose kan worden gesteld door de werking van het enzym 'carnitinepalmitoyltransferase 1' (CPT1) te meten in cellen van de patiënt. Daarvoor wordt meestal een stukje huid afgenomen.

In 2015 is door de minister van volksgezondheid afgesproken dat baby’s op CPT1-deficiëntie gescreend mogen worden met de hielprikscreening. Hiermee is sinds 2018 begonnen.
In het bloed dat bij de hielprik wordt afgenomen wordt gekeken of er stapeling is van acylcarnitines. Als de waarden afwijkend zijn, zal de baby worden doorverwezen naar een kinderarts metabole ziekten die dan verder onderzoek zal aanvragen in bloed en huidcellen om te onderzoeken of de baby echt CPT1-deficiëntie heeft of niet.

Als er CPT1-deficiëntie is vastgesteld, wordt meestal ook onderzocht welke fout in het DNA de oorzaak is dat het CPT1-enzym niet goed werkt.