Als het vermoeden bestaat dat een patiënt galactosialidose (of een andere oligosaccharide) heeft, kan de urine getest worden. Als daarin veel korte eiwit- en suikerketens zitten, is dat een bevestiging van dat vermoeden. Voor de precieze diagnose moeten artsen de enzymactiviteit meten in cellen van de patiënt. Daarvoor wordt een stukje huid afgenomen.
Het is niet betrouwbaar om de activiteit van de 'protective factor' te meten, want meestal is de enzymfunctie van dat eiwit intact, terwijl de kapotte beschermfunctie de ziekte veroorzaakt. Daarom worden de huidcellen getest op een combinatie van twee andere enzymen: neuraminidase en bèta-galactosidase. Als er van beide enzymen weinig activiteit wordt gemeten, is de diagnose galactosialidose gesteld.

Het is mogelijk om Prenataal onderzoek te laten verrichtten wanneer er eerder een kind met galactosialidose in de familie geboren is. Dit is echter geen routineonderzoek, vanwege de zeldzaamheid van de ziekte.