De vier typen Sanfilippo hebben dezelfde klinische kenmerken, maar worden veroorzaakt door defecten aan telkens een ander enzym. Deze enzymen zijn:
Sanfilippo A: heparan N-sulfatase;
Sanfilippo B: α-N-acetylglucosaminidase;
Sanfilippo C: N- Ac-transferase;
Sanfilippo D: N-Acetyl-glucosamine-6-sulfatase.

De diagnose Sanfilippo kan gesteld worden aan de hand van onderzoek van bloed en urine, waarin de afwezigheid van één van de bovengenoemde enzymen kan worden aangetoond. De reden voor dit onderzoek is meestal het achterblijven van de mentale en lichamelijke ontwikkeling van het kind. Ook probleem- of extreem druk gedrag kan een reden zijn om een kind op Sanfilippo te testen.

Omdat het syndroom van Sanfilippo een erfelijke aandoening is, kunnen ook broertjes en zusjes aangedaan zijn. Zij kunnen worden getest als de diagnose bij één lid van het gezin is gesteld. Prenataal onderzoek is mogelijk om de ziekte bij eventuele volgende kinderen te detecteren.