Op dit moment is er geen behandeling bekend om de gevolgen van MPS 3 te stoppen. Alles is gericht op het bestrijden van de symptomen van de ziekte, om kinderen zo aangenaam mogelijk te laten leven zo lang het kan. Er is prenataal onderzoek naar deze ziekte mogelijk door middel van een vlokkentest of vruchtwaterpunctie.

Enzymtherapie via de bloedbaan is bij MPS 3 vooralsnog geen optie, omdat daarmee alleen lichamelijke problemen geremd kunnen worden (en die zijn bij MPS 3 vaak het minste probleem). Klinisch onderzoek naar enzymtherapie, toegediend in het hersenvocht, bij patiënten met MPS 3A heeft onvoldoende resultaat laten zien. Op dit moment worden allerlei vormen van gentherapie in de praktijk geprobeerd, de meeste met de bedoeling ze als 'medische behandeling' te registreren.

Vanwege hun moeilijke gedrag en de sterke achteruitgang van hun verstandelijke vermogens worden veel MPS 3-patiënten opgenomen in instellingen voor verstandelijk gehandicapten. Daar hebben ze veel baat bij een individueel dagprogramma dat op hun wisselende stemmingen en behoeften is aangepast.