Het syndroom van Bartter is deels te behandelen, waardoor de symptomen van de ziekte zoveel mogelijk worden bestreden of vermeden. De behandeling is er met name op gericht om het verlies van grote hoeveelheden kalium en soms natrium chloride en calcium te compenseren. Over het algemeen zorgt de behandeling ervoor dat de prognose van de patiënt sterk verbetert.