Veel kinderen met PCH2 krijgen al kort na hun geboorte klachten. De eerste dingen die opvallen, zijn slikproblemen en onrustig gedrag. Ook zijn ze vaak slap, vooral in de rug en de nek. De kinderen ontwikkelen zich nauwelijks, zowel mentaal als motorisch. Ze krijgen weinig tot geen controle over hun bewegingen, en de meeste patiënten leren nooit zelfstandig zitten. Ze maken bijna altijd onwillekeurige, schokkerige bewegingen (chorea) en hebben meestal spasticiteit in armen en benen. Ook epileptische aanvallen komen voor. Kinderen met PCH2 maken nauwelijks contact met hun omgeving. Ze hebben een klein hoofd, en op MRI-beelden is te zien dat delen van de hersenen onderontwikkeld zijn.

Sommige kinderen overlijden al als baby, bijvoorbeeld bij een infectie met hoge koorts. Ook kinderen die wat ouder worden, hebben een beperkte levensverwachting, mede door complicaties van hun meervoudige beperkingen. Vroeger overleden de meeste kinderen met PCH2 aan een longontsteking, veroorzaakt door verslikken. Tegenwoordig hebben bijna alle kinderen met PCH2 een PEG-sonde (een slangetje door de buikwand, waardoor voeding rechtstreeks in de maag komt). Dit heeft de levensverwachting flink verbeterd.