De ziekte wordt veroorzaakt door mutaties in het gen AMACR, dat codeert voor het enzym alfa-methylacyl-CoA-racemase. Dit enzym speelt een rol in de afbraak van bepaalde vetzuren (waaronder pristaanzuur) en in de laatste stap van de aanmaak van galzuren in de peroxisomen, kleine celonderdelen die onder andere betrokken zijn bij de vetzuurstofwisseling. Bij een tekort aan dit enzym hopen pristaanzuur en afwijkende galzuurtussenproducten zich op in het lichaam.