Patiënten hebben vaak myoglobine in hun urine. Dit is een eiwit dat veel voorkomt in de spieren en ervoor zorgt dat er voldoende zuurstof in de spieren komt. Door intensieve inspanning kan er schade aan de spieren ontstaan, waardoor myoglobine in het bloed terecht komt. Dit wordt uit het lichaam verwijderd via de urine. Wanneer er grote spierschade is ontstaan, kan de nierfunctie ook verminderen.

Er is ook een test, waarbij de bloedtoevoer naar de spier tijdelijk geremd wordt. Er wordt om de bovenarm van een patiënt een bloeddrukband aangebracht en die wordt opgeblazen tot er geen zuurstofrijk bloed meer stroomt. Bij GSD-10 is er in het bloed dan een beperkte toename van melkzuur te zien, terwijl de hoeveelheid ammonia sterk toeneemt. In de gezonde situatie wordt veel grotere toename van melkzuur in het bloed gezien.

De diagnose kan bevestigd worden door in een stukje spier (een spierbiopsie) de activiteit van het enzym fosfoglyceraat mutase te meten. Bij sommige patiënten zien de spiercellen er onder de microscoop anders uit. De combinatie met krampen na inspanning en myoglobine in de urine is daarentegen wel een zeer sterke aanwijzing voor GSD-10. Daarnaast kan de diagnose ook bevestigd worden door DNA onderzoek.